Trasa Stezky středozemím vede z Českých Budějovic k nejjižnějšímu bodu ČR ve čtyřech etapách o celkové délce 90 kilometrů. Prvních přibližně 10 kilometrů úseku vede ještě oblastí Českobudějovicka, teprve za obcí Boršov nad Vltavou překračuje stezka hranice českokrumlovského okresu. Trasa se u hradu Dívčí Kámen odpoutává od vltavského údolí a vystupuje na vrchol Kleti, na jedinou tisícovku a tedy nejvyšší bod na celé Stezce středozemím. Z Kleti se trasa vrací k Vltavě a přes Zlatou Korunu vede do Českého Krumlova. Ve druhé polovině úseku pokračuje trasa k jihu proti proudu Vltavy do Rožmberka nad Vltavou a přes Vyšší Brod až ke svému jižnímu konci – k nejjižnějšímu bodu ČR nedaleko obce Studánky.
Cyklistická varianta
Cyklistická varianta Stezky středozemím přes Českokrumlovsko měří 97 kilometrů a dá se zvládnout za jeden až dva dny. Trasa prochází všemi důležitými body pěší varianty, z důvodu nesjízdnosti ale vede z velké části po jiné trase. Neprůjezdný úsek z Boršova nad Vltavou na Dívčí Kámen objíždí po značených cyklotrasách přes Třebín a Lipí; z Holubova pak odbočuje na Dívčí Kámen podél Křemžského potoka a vrací se stejnou cestou. Trasa následně zdolává náročný přejezd Kleti vedený převážně po asfaltových cestách a přes Zlatou Korunu se dostává do Českého Krumlova. V druhé části úseku již cyklistická varianta více sleduje pěší trasu, vynechává sice těžký výjezd na Křížový vrch, nicméně následně vede po téměř shodné trase do Rožmberka nad Vltavou. Z Rožmberka do Vyššího Brodu vede trasa po červené turistické značce až k rozcestí Kraví hora, následně objíždí těžko sjízdný úsek a míří do Vyššího Brodu. Poslední část Cyklistické varianty Stezky středozemím z Vyššího Brodu k nejjižnějšímu bodu ČR vede většinou po asfaltových cestách, jen na samém konci na vás čeká štěrková cesta.
