Trasa Jižní stezky prochází přes Třeboňsko v jediné etapě dlouhé 28 kilometrů, která spojuje Chlum u Třeboně a Petříkov. Charakterem jde o lehkou turistiku, vedoucí po značených trasách, především po lesních a polních nezpevněných cestách. Stezka vede z Chlumu u Třeboně přes Chlumeckou rybniční soustavu k Lužnici, kterou překračuje nedaleko známého jezu Pilař. Následně vstupuje do hlubokých lesů, ze kterých se vynoří u osady Bor, těsně mine rezervaci Červené blato a doputuje do svého cíle v Petříkově.
Cyklistická varianta
Třeboňsko představuje pro cyklisty ideální krajinu se spoustou pěkných cest a tento úsek je bezproblémově sjízdný na kole. Cyklistická varianta Jižní stezky přes Třeboňsko vede po základní pěší trase s výjimkou krátkého úseku u Boru. Délka celé etapy činí 29 km a dá se zvládnout za 2–3 hodiny.
