Trasa Jižní stezky vede Šumavou od Vyššího Brodu po Svatou Kateřinu v osmi etapách v celkové délce 192 kilometrů. Šumava tak představuje nejdelší úsek nejenom Jižní stezky, ale i všech stezek Via Czechia. Trasa vede po značených turistických cestách a prochází mimo jiné přes všechna šumavská jezera a nouzová nocležiště.
Na území Šumavy vstupuje Jižní stezka ve Vyšším Brodě a během první etapy vystupuje na první tisícovku, kterou je Vítkův kámen. Následně trasa vede podél Schwarzenberského plavebního kanálu a přechází panoramatický hraniční hřeben Plechého a Třístoličníku. V další části vede Jižní stezka přes Nové Údolí, Strážný a Knížecí Pláně na Bučinu. Ve své druhé polovině přechodu Šumavy Jižní stezka projde kolem pramene Vltavy a přes Březník zamíří na Modravu. Odtud prochází trasa malebným údolím Roklanského potoka, vyhoupne se na rozhledový Poledník a přes Prášilské jezero sestoupí do Prášil. V závěru projde stezka postupně kolem jezer Laka, Čertovo a Černé a vstoupí do Královského hvozdu, nejzápadnější části Šumavy. Na poslední etapě Šumavou lze ještě zhlédnout vodopád Bílá strž nebo vystoupat na vrchol Ostrý a následně přechod ukončit u hraničního přechodu Svatá Kateřina.
Cyklistická varianta
Díky mnoha kvalitním cestám je Šumava doslova rájem pro sportovně založené cyklisty. Cyklistická varianta Jižní stezky vede z velké části po stejné trase jako základní pěší verze, výjimkou jsou některé nesjízdné nebo technicky náročné úseky. Pro cyklisty je lahůdkou rovinatější úsek vedoucí podél Schwarzenberského kanálu, hezké cesty vinoucí se údolím Modravského a Roklanského potoka nebo pěkný úsek přes Královský hvozd. Cyklistická varianta tak míjí pouze hřebenový úsek Plešné jezero – Plechý – Třístoličník a rovněž Čertovo jezero. Celkem měří cyklistická verze Jižní stezky přes Šumavu 192 kilometrů, což lze zvládnout za 2–3 dny.
Lyžařská varianta
Na Šumavě najdeme hustou síť strojem udržovaných stop, perfektní značení a pestrou nabídku občerstvení, celková délka stop dosahuje úctyhodných 450 kilometrů a nachází se zde nejdelší souvislý úsek upravovaných běžkařských stop u nás. Za dostatečné sněhové pokrývky tak měří lyžařská varianta Jižní stezky 130 kilometrů, což představuje dle kondice a podmínek 2–4denní putování. Lyžařská trasa začíná v Nové Peci, záhy se napojuje na Šumavskou magistrálu, která vede přes Bučinu, Modravu, Prášily a končí v Železné Rudě, za dobrých sněhových podmínek lze však dojet až do Svaté Kateřiny.
