Trasa Jižní stezky vede Novohradskými horami a Novohradským podhůřím ve čtyřech etapách o celkové délce 93 kilometrů. Úsek začíná v Petříkově na rozmezí Novohradského podhůří a Třeboňské pánve a pokračuje přes Nové Hrady, Terčino údolí do Horní Stropnice, odkud trasa začíná rychle nabírat výšku a přes Dobrou Vodu vystupuje na Kraví horu. Z nedaleké Hojné Vody vede Jižní stezka částečně po neznačených lesních cestách k penzionu Žofín, obchází stejnojmennou rezervaci a přes Pohoří na Šumavě směřuje k penzionu Baronův most. Druhá polovina přechodu vede nejprve povodím horní Malše do Dolního Dvořiště a následně přes Horní Dvořiště a zacházku k nejjižnějšímu bodu ČR do Vyššího Brodu.
Cyklistická varianta
Cyklistická trasa Jižní stezky Novohradskými horami a Novohradským podhůřím – včetně odbočky k nejjižnějšímu bodu ČR – měří 100 kilometrů. Celý úsek se dá ujet za 1–2 dny, ideálním nocležištěm při dvoudenním přejezdu je penzion Lesovna Žofín nebo penzion Baronův most. Cyklistická varianta vede převážně po základní pěší trase Jižní stezky, po kvalitních lesních a polních cestách, jen v několika málo místech objíždí nesjízdné úseky. Z Horní Stropnice do Hojné Vody vede trasa po silnici a vynechává na kole nedostupný vrchol Kraví hory, následně postupuje k Lesovně Žofín po tzv. Zakázané cestě. Od Rybníku pokračuje cyklistická varianta částečně po trase bývalé koněspřežky České Budějovice – Linec a následně přes Český Heršlák do Horního Dvořiště.
Lyžařská varianta
Pro běžkaře představují Novohradské hory relativně neznámý terén. Stopy jsou za dostatečné sněhové pokrývky upravovány většinou jen v okolí Hojné Vody, a přejezd celého pohoří tak je vhodné uskutečnit na backcountry lyžích nebo starších fortelných běžkách. Lyžařská trasa Jižní stezky vede z Hojné Vody k Lesovně Žofín, odkud je možné pokračovat k Huťskému rybníku a přes bývalé Stříbrné Hutě do Pohoří na Šumavě. Odtud lze za dobrých sněhových podmínek jet dál po tzv. Třítankové cestě k rozcestníku Dolní Příbrání, kde přejezd Novohradských hor končí. Trasa lyžařské varianty měří 34 kilometrů a lze ji ujet za jeden den.
